人体寄生性の原虫は、根足虫類、鞭毛虫類、胞子虫類、繊毛虫類のなかに含まれます。
病原性原虫とそれによる疾患の主なものは、

1)根足類では赤痢アメーバ(アメーバー赤痢、アメーバー性肝膿瘍)

2)鞭毛虫類ではランブル鞭毛虫(脂肪性下痢)、膣トリコモナス(膣炎、帯下、尿道炎)、ガンビアトリパノソーマおよびローデシアトリパノソーマ、(アフリカ睡眠病)クルーズトリパノソーマ(シャガス病-中南米各地に蔓延)、ドノバンリーシュマニア(内蔵リーシュマニア症・カラアザール-インド、中国、地中海沿岸地帯)、熱帯リーシュマニア(旧世界-皮膚リーシュマニア症・東洋瘤腫-アフリカ、アジア、地中海東部)、ブラジルリーシュマニア(アメリカ粘膜皮膚リーシュマニア症・エスプンディア・ウタ-南米)、

3)胞子虫類では各種のマラリア原虫(三日熱マラリア、四日熱マラリア、熱帯熱マラリア、卵型マラリアなど-アフリカ、東南アジアなどに広く分布)、トキソプラズマ(トキソプラズマ症)、戦争イソスポラ(下痢)、ニューモシスチス・カリニ(肺炎)、

4)鞭毛虫類では大腸パランチジウム(下痢)などがあります。

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