結石により尿流障害が起こると側腹部痛・背部痛があり、仙痛発作として嘔吐や冷汗を伴い苦痛の比較的穏やかな性病にはみられない激しい急性症状がみられます。
結石の結晶成分の中でも尿酸やリン酸水素カルシウムを含む結石は酸性尿で生じ、リン酸カルシウムの一種であるアパタイト・リン酸マグネシウムアンモニウム・尿酸塩を含む結石はアルカリ性尿で生じます。
性病に似た症状としては殆ど異なりますが、ただ尿路感染という面からみると強いアルカリ性尿で生じる感染結石と呼ばれるものがあります。